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Puerto Baquerizo Moreno es la capital de la provincia de Galápagos, en Ecuador. Está situada al suroeste de laisla de San Cristóbal, la isla más oriental del archipiélago.
A pesar de ser la capital, la ciudad tiene la segunda población más grande de las islas: 5,600 habitantes, principalmente pescadores. Las industrias primarias son la pesca artesanal, turismo, y cultivo de granjas. La ciudad tiene un Centro de Interpretación, pero la infraestructura turística no es tan avanzada como en Puerto Ayora.
La ciudad toma el nombre del presidente Alfredo Baquerizo Moreno (1859-1951).
Los residentes fundaron y mantienen en funcionamiento la Fundación Ecológica Albatros, dedicada a la protección de las Galápagos.
